Діяльність Миколаївської митниці ДФС спрямована на вирішення двох основних завдань – охорона національних економічних інтересів та контроль за рухом товарів через митний кордон. Адже, від того наскільки ефективно митниця виконує покладені на неї завдання залежить збільшення надходжень до бюджету та прискорення міжнародної торгівлі. 
За сім місяців 2016 року Миколаївською митницею ДФС до державного бюджету мобілізовано 2,3 млрд. грн., що майже на пів мільярда гривень більше, ніж за аналогічний період 2015 року.
Такий показник виконання бюджетних надходжень обумовлено, перш за все, сезонним імпортом сільськогосподарської техніки, ввезенням уранових ТВЕЛів для Запорізької та Южно-Української АЕС, збільшенням рівня середньої митної вартості оподаткованого імпорту, зміною асортименту основних бюджетоформуючих товарів.
Фахівці митниці зазначають, що з початку 2016 року для суб’єктів господарювання запроваджено ряд сприятливих умов для ведення бізнесу. Зокрема, це стосується відміни додаткового імпортного збору та зменшення ставок ввізного мита, у зв’язку з набуттям чинності Угоди про вільну торгівлю України з ЄС.